วันที่ 21 ก.ย. 64 ที่ประชุม ครม. ที่มี พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่ากระทรวงกลาโหม เป็นประธานการประชุม มีมติเห็นชอบวาระสำคัญของรัฐบาล ด้วยการยกร่างพ.ร.ก.ควบคุมโรค โดยจะไม่ขยายระยะเวลาการบังคับใช้ พ.ร.ก.การบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ.2548 ที่จะสิ้นสุดลงในวันที่ 30 ก.ย.64
ซึ่งส่งผลให้เป็นการยกเลิกการประกาศบังคับใช้ พ.ร.ก.ฉุกเฉินไปโดยอัตโนมัติ ทำให้ พ.ร.ก.ฉุกเฉินสิ้นสุดลง และยังทำให้ ศบค.ซึ่งตั้งขึ้นโดยอาศัยอำนาจ พ.ร.ก.ฉุกเฉิน ต้องสิ้นสภาพไป
โดยมีการเพิ่มหมวดการจัดการฉุกเฉินเพื่อไม่ต้องออก พ.ร.ก.ฉุกเฉิน ซึ่งจะไม่มีผลให้เป็นการนิรโทษกรรมฝ่ายบริหาร แต่เป็นไปเพื่อคุ้มครองบุคลากรทางการแพทย์ที่ปฏิบัติหน้าที่โดยสุจริต นับตั้งแต่วันที่ได้มีการประกาศสถานการณ์ฉุกเฉิน วันที่ 26 มี.ค.63